Genetica | Genetica Molecolare
Altri test genetici
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La secuenciación masiva en paralelo, o El Next Generation Sequencing (NGS), es una tecnología innovadora que permite la secuenciación en paralelo de millones de fragmentos de ADN. Esta técnica posibilita el análisis simultáneo de múltiples genes, mejorando la capacidad diagnóstica y reduciendo significativamente el tiempo de análisis.
Next Lab Italy ha desarrollado paneles de genes específicos para investigar diversas patologías y sus posibles causas genéticas.
Posibles resultados del test
La secuenciación de paneles de genes genera una gran cantidad de datos, lo que puede plantear desafíos en su interpretación y gestión. Por ello, es recomendable confirmar cualquier mutación identificada mediante método NGS con secuenciación Sanger.
A veces es necesario establecer la segregación de la(s) mutación(es) en los familiares, cuando estén disponibles.
En particular, el análisis puede arrojar tres posibles resultados:
Se identifican una o más alteraciones genéticas que podrían ser la causa de la patología presente en la familia del paciente.
Se identifican una o más alteraciones genéticas, pero su papel en relación con la problemática en estudio no es claramente interpretable. En este caso, podría ser necesario realizar estudios adicionales para aclarar la relevancia de las alteraciones detectadas. Incluso en esta eventualidad, el paciente será informado de los resultados obtenidos y se le mantendrá actualizado sobre los avances en la interpretación de las investigaciones realizadas.
No se detecta ninguna alteración genética que explique la condición analizada. Sin embargo, los resultados pueden ser reinterpretados en el futuro con los avances en el conocimiento de la enfermedad y los genes implicados. También en este caso, el paciente será informado en caso de que surjan novedades relevantes.
Prueba realizada en la sede operativa de Pavía, que ha implementado un sistema de gestión de calidad conforme a la normativa ISO 9001:2015 y al estándar SIGUCert
La fibrosis quística (FQ) es una enfermedad genética caracterizada por una sudoración con alto contenido en sales y secreciones mucosas muy espesas. Es la enfermedad genética más frecuente entre los niños caucásicos. Su incidencia es variable: es mucho menos común entre las poblaciones asiáticas y africanas en comparación con las de Europa y América del Norte, con diferencias entre los distintos países. La prevalencia en Europa no se conoce con exactitud, pero se estima entre 1 de cada 8.000 y 1 de cada 10.000 individuos.
Tecnología utilizada:
F508del, I507del, F508C, I502T, 1706del17, 1677del TA, G542X, 1717-1G>A, R553X, Q552X, G551D, S549R(A>C), N1303K, 4016insT, R1162X, R1158X, W1282X, G1244E, 2789+5G>A, 2183AA>G, 711+5G>A, 711+1G>T, G85E, 3849+10kbC>T, 621+1G>T, R117H, D1152H, L1065P, R1066H, L1077P, 4382delA, 1259insA, 852del 22, R347P, T338I, S912X, A455E, 3199del6, D110H, G178R, R334W, R347H, R352Q, D579G, E585X, 1898+1G>A, 1898+3A>G, 2184insA, 3120+1G>A, 3272-26A>G, R1066C, 3659delC, G1349D, H139R, 1717-8G>A, 1874insT, 1898+5G>T, 2522insC, 4015delA, 991del5, M1V, D110E, R117C, 1078delT, 2143delT, L997F, F1052V, 1782delA, E193K, c.1584+18672 A>G.La prueba permite además el análisis de las variantes poliT (politimidina 5T/7T/9T) del IVS8 y de las siguientes deleciones:CFTR dele2ins182, CFTR dele1, CFTR dele22-23-24, CFTR dele22-23, CFTR dele2-3, CFTR dele17a-17b-18 and CFTR dele14b-17b.
Tecnología utilizada:
La prueba, realizada mediante la metodología NGS (Next Generation Sequencing), analiza toda la secuencia codificante del gen CFTR, las uniones intrón/exón, el promotor y algunas mutaciones clínicamente relevantes presentes a nivel intrónico. La prueba permite además el análisis de las variantes poliT (politimidina 5T/7T/9T) del IVS8.
Búsqueda de la variante G1691A en el gen del Factor V (variante de Leiden)
Búsqueda de la variante (Factor II)
Búsqueda de las variantes C677T y A1298C en el gen MTHFR
Búsqueda de la variante -675 4G/5G en el gen PAI-1
Búsqueda de las deleciones AZFa, AZFb y AZFc
Búsqueda de la variante ASN680SER en el gen FSH-R
Un polimorfismo C/T en la posición c.-13910 de la región reguladora del gen de la lactasa (LCT). La prueba genética permite determinar si una persona está predispuesta o no a desarrollar un déficit de la enzima lactasa (más precisamente denominado hipolactasia) a lo largo de la vida.
Si el alelo C está presente en homocigosis, es decir, en ambas copias del gen, se produce una deficiencia de lactasa en los microvellos del intestino delgado. En los individuos heterocigotos T/C y en los homocigotos T/T, en cambio, la actividad de la lactasa es suficiente para garantizar la digestión de la lactosa. La frecuencia de homocigotos CC en la población del norte de Europa es de aproximadamente el 15–20 %, mientras que en algunas poblaciones mediterráneas (italianos, griegos, españoles, etc.) es de alrededor del 50 %.
La prueba genética destinada a identificar la variante c.-13910C>T en el gen de la lactasa debe considerarse una prueba de exclusión, útil para descartar la implicación del componente genético en la aparición de posibles trastornos tras la ingestión de alimentos que contienen lactosa. La especificidad y la sensibilidad de la prueba genética son superiores al 99 %.
El análisis consiste en la tipificación de los genes HLA y es una prueba genética de susceptibilidad que evalúa la mayor o menor predisposición de un individuo a desarrollar la enfermedad celíaca según la presencia o ausencia de factores de riesgo (como DQ2, DQ8). La presencia de los alelos DQ2 y/o DQ8 conlleva un aumento del riesgo de celiaquía que, en función de las combinaciones específicas, puede ser hasta 14 veces superior al de la población general. En cambio, la ausencia de estos alelos prácticamente descarta la posibilidad de desarrollar la enfermedad. DQ2 y DQ8 son glicoproteínas presentes en la superficie de ciertas células del sistema inmunitario, compuestas por dos cadenas distintas, alfa y beta, por lo que se denominan heterodímeros. Las cadenas alfa y beta están codificadas por los genes DQA1 y DQB1, respectivamente.
Los alelos DQA1*05 y DQB1*02 codifican el heterodímero DQ2, asociado a un mayor riesgo de celiaquía, mientras que los alelos DQA1*03 y DQB1*03:02 codifican el heterodímero DQ8, asociado a un riesgo más bajo. Entre los pacientes celíacos, más del 80 % presenta el genotipo DQ2 (DQA1*05 y DQB1*02), el 10 % presenta el genotipo DQ8, y el 5 % es DQB102 positivo pero DQA105 negativo. En raros casos (alrededor del 5%), la celiaquía puede manifestarse incluso en ausencia de estas combinaciones genotípicas. Los genes HLA son inmutables a lo largo de la vida. La sensibilidad y especificidad de la prueba genética superan el 99 %.
En caso de resultado positivo, se recomienda encarecidamente la realización de una prueba invasiva (biopsia intestinal), ya que la presencia de las moléculas HLA, por sí sola, no es suficiente para diagnosticar la enfermedad. Su aparición depende también de la exposición a factores ambientales desencadenantes y de la presencia de otros factores genéticos.
En los varones, la enfermedad suele manifestarse en la infancia con un retraso en la adquisición de los principales hitos del desarrollo. El déficit cognitivo presenta una gravedad variable. Los trastornos del comportamiento pueden ir de leves a severos, y en algunos casos pueden observarse comportamientos similares a los del espectro autista. En las mujeres, los síntomas cognitivos y conductuales suelen ser más leves. Al inicio del gen FMR1 hay una repetición de tripletes de nucleótidos (CGG), cuyo número varía entre individuos: – Sujetos con menos de 45 repeticiones: no presentan el síndrome del X frágil; – Sujetos con entre 45 y 54 repeticiones (zona gris): no presentan el síndrome, pero las mujeres tienen un mayor riesgo de tener hijos con expansión adicional de la repetición; – Sujetos con premutación (entre 55 y 200 repeticiones): las mujeres tienen un riesgo incrementado de tener hijos con síndrome del X frágil; – Sujetos con más de 200 repeticiones: presentan el síndrome del X frágil. En algunos casos, las mujeres pueden presentar una forma leve de la enfermedad.
El test genético permite identificar el número de tripletes (CGG)ₙ en la región 5′ no traducida del gen FMR1, con el fin de diferenciar entre sujeto sano, sujeto sano portador de una expansión clínicamente significativa, sujeto afectado por el síndrome.
caracterizada principalmente por ataxia progresiva de la marcha y de las extremidades, disartria, disfagia, disfunción oculomotora, pérdida de los reflejos tendinosos profundos, signos piramidales, escoliosis y, en algunos casos, cardiomiopatía, diabetes mellitus, pérdida de la visión y déficit auditivo.
La prevalencia de la FRDA en la población caucásica se estima en 1/20.000–1/50.000.
La FRDA está causada por la expansión inestable de un triplete GAA situado en el intrón 1 del gen FXN (9q21.11), que codifica la frataxina. No se conoce con certeza la función de esta proteína, pero se cree que desempeña un papel en la biogénesis de los clústeres hierro-azufre. La transmisión de la enfermedad es autosómica recesiva.
El test genético permite identificar el número de tripletes en el intrón 1 del gen FXN, con el fin de determinar un posible estado de portador o de enfermedad en casos de sospecha clínica.