Genetica | Genetica Molecolare
Altri test genetici
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Il sequenziamento massivo parallelo o Next Generation Sequencing (NGS) è una tecnologia innovativa e altamente versatile che permette il sequenziamento in parallelo di milioni frammenti di DNA: questo permette di eseguire analisi di molteplici geni contemporaneamente, con una resa diagnostica superiore al sequenziamento tradizionale, accorciando drasticamente i tempi dell’analisi genetica.
Next Lab Italy ha implementato questa tecnologia sviluppando specifici pannelli di geni con i quali è possibile investigare varie condizioni patologiche e identificarne le cause.
Il sequenziamento di pannelli di geni produce un’enorme quantità di dati, che possono presentare problemi di interpretazione e di gestione. In generale è utile confermare sempre la mutazione identificata tramite metodica NGS con sequenziamento Sanger.
Talvolta è necessario stabilire la segregazione della/delle mutazione/mutazioni nei famigliari quando disponibili.
In particolare l’analisi potrà avere tre esiti possibili:
Vengono identificate una o più alterazioni genetiche, interpretate come possibili cause della patologia presente nella Sua famiglia.
Vengono identificate una o più alterazioni genetiche, ma il loro ruolo in relazione alla problematica in esame non è chiaramente interpretabile. In questo caso, potrebbe essere necessario effettuare ulteriori approfondimenti per chiarire il ruolo delle alterazioni identificate. Anche in questa eventualità, Lei sarà informato sui risultati ottenuti e sarà aggiornato nel tempo sui progressi relativi all’interpretazione delle indagini effettuate.
Non viene identificata alcuna alterazione genetica che possa spiegare la problematica oggetto della presente indagine. I risultati delle indagini potrebbero essere rielaborati in futuro alla luce di nuove informazioni riguardanti la patologia in esame ed i geni in questa implicati. Anche in questo caso, sarà informato qualora emergessero novità rilevanti.
Esame eseguito presso la sede operativa di Pavia che ha attuato un sistema di gestione qualità secondo gli standard ISO 9001:2015 e SIGUCert
La fibrosi cistica (FC) è una malattia genetica da sudorazione ad alto contenuto di sali e secrezioni mucose fortemente viscose. È la più frequente malattia genetica tra i bambini Caucasici. L’incidenza è variabile: è estremamente meno comune tra le popolazioni Asiatiche e Africane, rispetto a quelle dell’Europa e del Nord America, con differenze tra i vari paesi. La prevalenza in Europa non è nota, ma è compresa tra 1/8.000 e 1/10.000 individui.
Tecnologia utilizzata:
F508del, I507del, F508C, I502T, 1706del17, 1677del TA, G542X, 1717-1G>A, R553X, Q552X, G551D, S549R(A>C), N1303K, 4016insT, R1162X, R1158X, W1282X, G1244E, 2789+5G>A, 2183AA>G, 711+5G>A, 711+1G>T, G85E, 3849+10kbC>T, 621+1G>T, R117H, D1152H, L1065P, R1066H, L1077P, 4382delA, 1259insA, 852del 22, R347P, T338I, S912X, A455E, 3199del6, D110H, G178R, R334W, R347H, R352Q, D579G, E585X, 1898+1G>A, 1898+3A>G, 2184insA, 3120+1G>A, 3272-26A>G, R1066C, 3659delC, G1349D, H139R, 1717-8G>A, 1874insT, 1898+5G>T, 2522insC, 4015delA, 991del5, M1V, D110E, R117C, 1078delT, 2143delT, L997F, F1052V, 1782delA, E193K, c.1584+18672 A>G. Il test permette inoltre l’analisi delle varianti poliT (politimidina 5T/7T/9T) dell’IVS8 e delle seguenti delezioni: CFTR dele2ins182, CFTR dele1, CFTR dele22-23-24, CFTR dele22-23, CFTR dele2-3, CFTR dele17a-17b-18 and CFTR dele14b-17b.
Tecnologia utilizzata:
Il test, eseguito con metodologia NGS (Next Generation Sequencing) analizza l’intera sequenza codificante del gene CFTR, le giunzioni introne/esone, il promotore e alcune mutazioni clinicamente rilevanti presenti a livello intronico. Il test permette inoltre l’analisi delle varianti poliT (politimidina 5T/7T/9T) dell’IVS8.
Ricerca della variante G1691A nel gene Fattore V (variante di Leiden)
Ricerca della variante G20210A (Fattore II)
Ricerca delle varianti C677T /A1298C nel gene MTHFR
Ricerca delle varianti -675 4G/5G nel gene PAI-1
Ricerca delle delezioni AZFa, AZFb, AZFc
Ricerca variante ASN680SER nel gene FSH-R
un polimorfismo C/T nella posizione c.-13910 nella regione regolatrice del gene per la lattasi (LCT). Il test genetico indica quindi se il soggetto è predisposto o meno a sviluppare un deficit dell’enzima lattasi (meglio definita ipolattasia) nel corso della vita. Se l’allele C è presente in omozigosi, ossia in en-trambe le copie del gene, allora si ha una carenza di lattasi nei microvilli dell’intestino tenue. Negli individui eterozigoti T/C e negli omo-zigoti T/T l’attività della lattasi è invece sufficiente a garantire la digestione del lattosio. La frequenza degli omozigoti CC nella popolazio-ne Nord-Europea è di circa il 15-20%, mentre è di circa il 50% in alcune popolazioni Mediterranee (italiani, greci, spagnoli etc.).
Il test genetico finalizzato all’identificazione della variante c.-13910C>T nel gene della lattasi deve essere considerato un test di esclusione, utile cioè ad escludere il coinvolgimento della componente genetica nell’insorgenza di eventuali disturbi conseguenti all’ingestione di ali-menti contenenti lattosio. La specificità e la sensibilità del test genetico sono superiori al 99%.
L’analisi consiste nella tipizzazione dei geni HLA ed è un test genetico di suscetti-bilità che valuta la maggiore o minore predisposizione di un individuo a sviluppare la malattia celiaca in base alla presenza/assenza di fat-tori di rischio (quali DQ2, DQ8). La presenza degli alleli DQ2 e/o DQ8 determina un aumento del rischio di celiachia, a seconda delle diver-se combinazioni, fino a circa 14 volte quello della popolazione generale, mentre l’assenza di alleli a rischio rende del tutto improbabile lo sviluppo della malattia. DQ2 e DQ8 sono glicoproteine presenti sulla superficie di alcune cellule del sistema immunitario, formate da due catene diverse, alfa e beta, e perciò dette eterodimeri. Le catene alfa e beta sono codificate dai geni DQA1 e DQB1 rispettivamente.
Gli alleli DQA1*05 e DQB1*02 codificano per l’eterodimero DQ2 a rischio maggiore di celiachia, mentre gli alleli DQA1*03 e DQB1*03:02 per l’eterodimero DQ8 a rischio minore di celiachia. Dei celiaci, più dell’80% ha un genotipo DQ2 (DQA1*05 e DQB1*02), 10% ha un geno-tipo DQ8, 5% è DQB1*02 positivo ma DQA1*05 negativo. In rari casi (circa 5%), la celiachia si manifesta anche in assenza di tali combina-zioni genotipiche. I geni HLA sono immutabili per tutta la vita. La specificità e la sensibilità del test genetico sono superiori al 99%.
In caso di esito positivo dell’analisi è fortemente consigliata l’esecuzione di un test invasivo (biopsia intestinale) in quanto le molecole HLA da sole non sono sufficienti a determinare la malattia. Essa infatti compare soltanto in seguito all’esposizione a fattori ambientali scatenanti e in presenza di altri fattori genetici.
Nei maschi, la malattia esordisce nell’infanzia con un ritardo nell’acquisizione delle principali tappe dello sviluppo. Il deficit cognitivo ha gravità variabile. I disturbi del comportamento possono essere lievi o gravi e possono essere presenti comportamenti simil-autistici. Nelle femmine, i disturbi cognitivi e comportamentali sono di solito lievi. All’inizio del gene FMR1 è presente una tripletta ripetuta di nucleotidi, il quale numero di ripetizioni è variabile: – Soggetti con meno di 45 ripetizioni: non manifestano la sindrome dell’X fragile; – Soggetti che hanno un numero di ripetizioni compreso tra 45 e 54 (zona intermedia): non manifestano la sindrome dell’X fragile ma le femmine hanno rischio aumentato di avere figli con ulteriore espansione; – Soggetti con premutazione (da 55 a 200 volte): le femmine hanno rischio aumentato di avere figli con sindrome dell’X fragile. – Soggetti con più di 200 ripetizioni della tripletta manifestano la sindrome dell’X-fragile. Talvolta le femmine possono presentare una forma lieve della patologia.
Il test genetico permette l’identificazione del numero di triplette (CGG)n nella regione 5′ non tradotta del gene FMR1 per discriminare tra soggetto sano, soggetto sano ma portatore di una espansione clinicamente significante, soggetto affetto.
per lo più caratterizzata da atassia progressiva dell’andatura e degli arti, disartria, disfagia, disfunzione oculomotoria, perdita dei riflessi tendinei profondi, segni piramidali, scoliosi e, in alcuni casi, cardiomiopatia, diabete mellito, perdita della vista e deficit dell’udito.
La prevalenza della FRDA nella popolazione Caucasica è stimata in 1/20.000-1/50.000.
La FRDA è causata dall’espansione instabile di una tripletta GAA situata nell’introne 1 del gene FXN (9q21.11), che codifica la fratassina. La funzione di questa proteina non è nota, ma si ipotizza che
svolga un ruolo nella biogenesi dei cluster ferro-zolfo. La trasmissione della patologia è autosomica recessiva.
Il test genetico permette l’identificazione del numero di triplette a livello dell’introne 1 del gene FXN per determinare un eventuale stato di portatore o uno stato di malattia nei casi di sospetto clinico.